El área de Mecánica de Fluidos y Transferencia de calor tiene incidencia importante en temas de energía. El área posee un Laboratorio de Fluidodinámica y Procesos, un Laboratorio de Estudios Avanzados en Fenómenos no Lineales y un Laboratorio de Combustión. En ellos se estudian fenómenos de flujo de fluidos y transferencia de calor tanto desde el punto de vista de la Física como de las aplicaciones ingenieriles. Fenómenos como generación de vórtices, combustión, convección forzada y natural, interacción fluido- estructura han generado una amplia serie de publicaciones.